Der Rheintaler kam 2014 als Nachwuchsspieler zum FC St.Gallen 1879. Vor der Saison 2019/20 schaffte er den Sprung in die 1. Mannschaft und kam dort von Beginn an regelmässig zum Einsatz. Insgesamt absolvierte der vielseitig einsetzbare Fazliji für den FCSG 87 Meisterschafts- und neun Cupspiele sowie eine Partie im Europacup.

Der FC St.Gallen 1879 dankt Betim Fazliji für seinen Einsatz für Grünweiss und wünscht ihm alles Gute bei seiner neuen sportlichen Herausforderung, heisst es in der Medienmitteilung. 

Auf der Webseite seines neuen Vereins wird der 23-Jährige wie folgt zitiert: «Ich bin sehr gespannt auf die neue Herausforderung beim FC St. Pauli. Nach acht Jahren in St. Gallen ist der Wechsel nach Hamburg und in eine neue Liga ein großer Schritt für mich, aber die Verantwortlichen haben mir einen sehr guten Plan aufgezeigt. Die aktive Spielweise kommt mir sehr entgegen. Jetzt freue ich mich darauf, Teil eines jungen und spielfreudigen Teams zu werden und möchte möglichst bald zum gemeinsamen Erfolg beitragen.»