Seit Sommer 2022 stand Boukhalfa beim FC St.Pauli unter Vertrag. Nach zwei Saisons und 26 Einsätzen in der 2. Bundesliga gelang ihm mit dem Team in der Saison 2023/24 der Aufstieg in die Bundesliga. In dieser kam der gebürtige Freiburger regelmässig zum Einsatz: Insgesamt absolvierte er 25 Pflichtspiele in der Liga sowie zwei weitere im DFB-Pokal. Dabei gelangen ihm zwei Treffer.

Ausgebildet wurde Boukhalfa in den Nachwuchsstufen des SC Freiburg, wo er sämtliche Jugendteams bis zur zweiten Mannschaft durchlief.

«Carlo ist ein lauf- und zweikampfstarker Offensivspieler, der vielseitig einsetzbar ist. Er kann sowohl auf der Acht als auch auf der Zehn spielen – und nicht zuletzt in der Rolle des hängenden Stürmers. Beim FC St.Pauli hat sich Carlo durchbeissen müssen und sich dank seiner Hartnäckigkeit zuletzt einen Stammplatz in der Bundesliga erkämpft. Er ist ein sehr positiver Mensch mit einer hervorragenden Einstellung. Mit seiner intensiven Spielweise wird er unserem Spiel guttun», so Roger Stilz, Sportchef des FC St.Gallen 1879.